La Sede Tumaco fue creada mediante el acuerdo 14 de 1997 del Consejo Superior Universitario.Su puesta en marcha se inició en 2009 con la creación del Instituto de Estudios del Pacífico (IEP), como unidad académica básica de la Sede.

En 2011, se adquirió un predio de 44.7 hectáreas en el kilómetro 30 de la vía nacional Tumaco-Pasto.

La Sede Tumaco inauguró en 2014 el edificio del Centro de Estudios del Pacífico (CEP). Esta obra, que fue realizada gracias al impulso dado por el financiamiento nacional e internacional, respondió a la necesidad de contar con instalaciones acordes con la propuesta académica que se viene implementando en la Sede.

En el 2015 la Sede Tumaco recibió la primera cohorte de estudiantes bajo la modalidad del Programa Especial de Admisión y Movilidad Académica (PEAMA). Este programa ha permitido avanzar hacia las metas educativas propuestas por la Universidad para la región Pacífica colombiana.